Siyenpi'lerin yerine geçen Aparlar (394 - 552)'ın ilk hüküm darları Tolun (394 - 410)'da, 402 yılında büyük fütuhatla eski Hun devletini hemen hemen aynen tekrar kurunca o zamana kadar kullandığı yabgu unvanını küçük görerek Kağan unvanını aldı. Bundan sonra bu unvan Aparlar'da, Gök Türkler (552 -745)'de, Dokuz Oğuz - On Uygurlar (745 - 840)'da aynen devam etmiştir. Karahanlılar'da Kağan şekli biraz değişip hakan şeklini alarak, Çingizliler'de Kağan biçimine bürünerek kullanıldı.

Türkçe kelime içindeki g ve ğ'lerin düşmesi, baştaki k'ların h olması şeklindeki dil kaidesi gereğince kelime han biçimini alarak günümüze kadar gelmiştir.

Bununla beraber Kağan'ın kısaltılmış biçimi olan kan kelimesinin 720 - 725 yıllarında dikilen Bilge Tonyukuk anıtında görülmesi de dikkate değer. Kül Tegin ve Bilge Kağan anıtlarındaki edebî dil yerine daha ziyade halk diliyle yazılmış olan Bilge Tonyukuk anıtında kelimenin halk ağzındaki biçimi kullanılmıştır diye düşünülebilir.

Kağan kelimesi Türkiye'de 'Kağan Arslan" tamlaması şeklinde XVI. yüzyıl sonuna kadar kullanılmıştır, ilkönce Dede Korkut kitabında geçen "Kağan Arslan"ın bugünkü bilgimize göre son kullanılışı Tevârîh-i Cedîd-i Mir'ât-ı Cihân adlı ve H. 1000 yıllarında (M. 1591 - 1592) yazılan târih kitabındadır. Kitabın müellifi olan Osman İskender'le Dârâ'nın savaşını anlatan bir manzumesinde iki hükümdar için "ol iki kağan arslan" tabirini kullanıyor {Tevârîh-i Cedîd-i Mir'ât-ı Cihan, s. 8, İstanbul, 1961).

"Kağan arslan"ın ne demek olduğu Taşkentli Mîrek Muhammed Nakşibendî'nin sözlüğünde izah edilmiştir. Mîrek Muhammed bu sözlüğünde (Şehid Ali Paşa 2621, 82b - 121a) bazı Arapça ve Farsça kelimeleri açıklamaktadır. Sözlüğün 120 yaprağında "şîr - i yele"nin İzahı şöyledir:

"Kendi öz başıyle gezen ve kayd ü bende mümkin olmayan arslan mânâsındadır. Türkî'de ana kağan arslan derler".

Kağan kelimesinin menşei ve anlamı kesinlikle aydınlanmış değildir. Bu kelimenin Moğol, hatta Suğdak menşeli olduğunu söyleyenler bulunmuştur. A. Caferoglu ise, bu konudaki ihtimalleri saymış olmakla beraber kendisi bir hükme gitmemiştir.

Caferoğlu'nun dikkati çektiğine göre, bugünkü bazı Türk lehçelerinde "büyük" ve ağabey" anlamında bir kağa kelimesi vardır,

İmparatoriçe anlamındaki katun kelimesinin eski biçiminin kağatun olduğuna bakarak, her ikisinin başındaki kağa'lar dolayısıyla kağan kelimesinin "büyük" demek olan kağa'dan çıktığını, ihtirazî kayıtla birlikte, kabul edebiliriz.

Kağan kelimesi devlet başkanı (imparator) demek olduğu halde bazen olağanüstü durumlarda veya mecburiyet karşısında Gök Türkler çağında, aynı zamanda birden fazla Kağan'ın bulunduğu devreler görülmüştür. Nazari olarak Kağan'lardan birinin "büyük Kağan" olması kabul edilmiş bulunmakla beraber gerçekte güçlü olanın hükmü ve buyruğu yürümüştür kî bu da federatif ve merkeziyetsİz Türk devlet sisteminin sonucudur. (21.cilt,s. 111-112)